満洲協和党の党中央は、満洲国協和会中央本部を継承して中央本部と呼ばれる。中央本部の指導者は党の指導者であるが、実権は全国連合協議会の選出を受けた中央輔導委員会が握っている。中央輔導委員会は中央本部の決定の一切を行い、中央本部の決定は党そして国家全体の意思となっている。

中央輔導委員会には分野別の部局が付属しており、この実務を担っているのがいわゆる党官僚である。中央輔導委員会付属機関は党内国内の頭脳の最精鋭が集まっており、政策全体の方向性を指導するための研究と工作が行われている。

中央総務部は総務部とも言い、党による指導を実施するため党及び政府機関への工作を行う。党工作の本流であり、総務部幹部のポストは中央政界への登竜門でもある。また、党組織全体のための総務事務も行う。

主要な党位として中央総務部長、党務担当総務次長、地方担当総務次長、弘報担当総務次長、文教担当総務次長、交通厚生担当総務次長、経理課長がある。

中央輔導部は輔導部とも言い、党の身分団体と社会団体に対する工作を行う。中央総務部が党と政府機構を対象とするのに対し、中央輔導部は民間の大衆を対象としている。

輔導とは日本の協和党における「指導」、中国共産党における「領導」に相当し、国家全体のための方向性を決定づけ、工作を通じてそれを実現させることを意味している。輔導という言葉は満州国協和党時代からも存在したが、身分団体と社会団体を通じた大衆指導へと字義を変化させたのは大東亜戦争後のことである。

主要な党位として中央輔導部長、満洲協和農民連盟担当輔導次長、満洲協和青年団・協和義勇奉公隊担当輔導次長、満洲科学技術連合部会・満洲国赤十字社担当輔導次長、満洲協和官吏同盟担当輔導次長がある。

調査統計部は中央調査課として設立されたのち、機構改変を経て調査統計部に至った。党指導に関する調査や統計を行う。

中央本部の党文献を保管している。中央文献室は新京にあったが、大東亜統一戦争で中共軍が目前まで迫ったため、後に浦塩方面へ分散移築したとも言われる。

中央錬成所とは党幹部教養のための教育施設である。満洲国協和会時代に設立されたものを前身としつつ、党政治大学校（通称：石原莞爾学校）や牡丹江主体幹部学校など各種党高級教育機関を統括している。

中央検査部は党内の不正、汚職、堕落などの取り締まりを目的とし、党内の検査を行う。

中央民族工作委員会は、多様な民族を抱える満洲国における民族工作を取りまとめて指導している。

委員会には専任の民族を抱える民族担当民族工作委員が存在する。通常、担当する民族は委員自身の出自する民族である。

中央治安委員会は国内治安問題に対する指導機関である。委員は中央輔導委員会の主要委員に加えて、国務院治安部や国務院国家保衛部、国防本部などの長から構成される。中央治安委員会は党と治安部門それぞれが意見をすり合わせ、意志を統一し、党国全体への一貫した指導を行うための場である。

中央国防委員会は国防問題に対する指導機関である。委員は中央輔導委員会の主要委員に加えて、国防本部総長、国防本部次長、陸海空軍総司令官、国務院治安部長、国務院国家保衛部長などから構成される。国防に関する事実上の最高指導機関であり、大東亜統一戦争における戦争指導も行った。

国内を戦場にする総力戦を経験したこともあり、中央国防委員会の権威と権力は他機関よりも飛びぬけている。全斗煥は中央国防委員会委員長に就任して中央輔導委員会委員長を凌ぐ権勢を振るい、権力掌握を行った。

中央本部には中央輔導委員会委員のみならず部局責任者や委員会オブザーバーも参加する中央本部全体会議が存在する。全国連合協議会大会の前後や党・国全体のための重大な指導決定の際は、中央本部全体会議の議決を行い、それを基に中央輔導委員会が決定するのが慣例である。 党則上は中央本部全体会議が中央本部の議決機関ではあるが、日常的には稼働せず、全体会議本来の業務を全体会議休会中の代行として中央輔導委員会が行っていることになっている。